Het verhaal van Heroes is in opzet gelijk aan de verhalen in stripboeken. Net als in stripboeken heeft Heroes een grote alles omvattende verhaallijn en kleinere verhaallijnen binnen een hoofdverhaallijn. Ongeacht uit welke personages of gebeurtenissen een seizoen bestaat, alle seizoenen van Heroes gaan over gewone mensen die hun vaardigheden ontdekken en hun reactie op deze ontdekking. Elke aflevering bevat nieuwe antwoorden en vragen, en zorgt voor de ontwikkeling van het verhaal en/of de personages. De hoofdverhaallijn in het eerste seizoen draait om het stoppen van een explosie van een immense proportie welke plaatsvindt in de toekomst. De verhaallijn wordt in eerste instantie gedragen door twee personages, Hiro Nakamura en Isaac Mendez, Hiro zag het in de toekomst en Isaac schilderde het naar een visoen.