Wanneer Thomas wakker wordt, zit hij met een groep jongens gevangen in een gigantisch labyrint dat voortdurend verandert. Van de buitenwereld herinnert hij zich niets meer, behalve vreemde dromen over een mysterieuze organisatie genaamd W.C.K.D. Door fragmenten van zijn verleden te verzamelen met aanwijzingen die hij in het labyrint vindt, moet Thomas samen met de andere 'renners' een manier zien te vinden om te ontsnappen.