Deel 1: Na door een genetisch gemanipuleerde spin gebeten te zijn, maakt het lichaam van de nerd Peter Parker radicale wijzigingen door. Hij kan tegen muren oplopen, web-vloeistof uit zijn polsen spuiten, en hij ontwikkelt een spinnen-zintuig. Hij neemt de naam ".Spider-Man". aan, en besluit zijn nieuwe krachten te gebruiken om de slechte Green Goblin te bestrijden. Ondertussen probeert hij de aandacht te trekken van zijn mooie klasgenote Mary Jane Watson.Deel 2: Nieuwe avonturen van Peter Parker, sympathieke student, part-time fotograaf en superheld. Nadat hij in de vorige film geslaagd is voor zijn high-school diploma besluit Peter colleges te volgen aan de New Yorkse Empire State Universiteit. Terwijl hij met diverse persoonlijke problemen zit wordt hij geconfronteerd met de briljante Dr. Otto Octavius, die door een wetenschappelijk ongeluk met enkele mechanische tentakels in de slechte Doctor Octopus is veranderd.Deel 3: Een buitenaardse symbiote van een andere wereld geeft Peter Parker, alias Spider-Man, nieuwe krachten en een zwart pak die hij goed kan gebruiken om enkele nieuwe vijanden mee te bestrijden. Peters leven lijkt geweldig te zijn met zijn nieuwe pak, totdat hij en zijn geliefden merken dat er iets niet klopt in zijn gedrag.
